YB50の操作系統は普通のMTバイクとそれほど違わないが、変速の仕方が少し違う。普通のバイクはギアを上げるにはクラッチを切って左足のつま先部分でペダルを蹴り上げるが、YB50は前方のペダルを上から踏むことによってギアを上げる。ギアを落とすにはカカトで後方のペダルを踏む。
普通のバイクの操作で考えると、ギアを下げたつもりでも逆にギアを上げてしまうので、コツをつかむまでやりにくいが、これは革靴でも乗れるように配慮されたからであろう。革靴で普通のバイクに乗ると、変速時に左足のつま先部分がダメージを受けて、靴が汚れたり、ダメになってしまうからだ。
あとはニュートラルの位置が普通のバイクのように１速と２速の間ではなく、１速の下にある。ロータリー式ではないので、４速からニュートラルに直接入れる（戻す）ことはできない（カブはできるみたいだけど）。
１速→Ｎ→２速→３速→４速→５速（普通のバイク）
Ｎ→１速→２速→３速→４速（YB50）
それ以外は普通のMTバイクと変わらない。